盡管我部在推進征地制度改革中取得了一些成效，征地矛盾和問題雖有緩解但還沒有根本解決，改革征地制度的社會呼聲仍然很高。目前征地制度改革存在兩大難點：一是“公共利益”如何界定。法律雖然規定為了“公共利益”可以征地，但法律和實踐中尚未明確界定“公共利益”的界限，導致實際上各類建設均通過國家動用征地權解決用地需求，造成土地征收權行使范圍擴大、征地規模過大。二是“同地同價”如何穩妥推行。按照《國有土地上房屋征收與補償條例》，“同地同價”即按市場價格補償。一方面，我部推行的統一年產值標準和區片綜合地價雖然使補償標準有所提高但總體水平仍然不高，一旦按市場價補償后若差別太大，可能導致之前的被征地農民不滿引發巨大社會矛盾。另一方面，在目前征地收益分配尚無稅費調節手段的情況下，即對征地實行市場價補償，可能帶來新的分配不公，引起地方政府和未被征地農民不滿。因此，如何既按市場化原則提高征地補償標準，又不致引起新的矛盾，是推進征地制度改革中必須解決的難題。

因此，征地制度改革步伐不宜過急，更不能追求一步到位，應與經濟社會發展階段相適應，漸近改革，有序推進。首先，必須嚴格界定公益性和經營性建設項目，逐步縮小征地范圍。鑒於公益性目的內涵爭議較大，可以先制定非公益性目的征地的否定性目錄，贏利性目的的用地，一律不允許征地。進一步加大國有土地市場配置改革，逐步縮小劃撥用地范圍，不斷擴大有償使用覆蓋面，最終取消土地供應“雙軌制”。近期，除軍事、保障性住房、涉及國有安全和社會公共秩序的特殊用地可以繼續劃撥使用外，其他各類建設用地應全部實行市場配置。其次，縮小征地范圍應與集體建設用地流轉同步設計、同步推進。改革一切非農建設靠征地保障土地供應的格局，除了公益性目的的用地外，其他非農建設用地，無論是城市建成區范圍內的用地需求，還是城市建成區范圍外的用地需求，隻能通過市場交易方式獲得，允許農民依法以農村集體土地通過多種方式參與非公益性項目建設。最后，抓緊研究制定集體建設用地流轉收益分配調節政策，確保國家（政府）、集體和農民之間合理分配土地增值收益，並平衡公益性征地與直接入市之間的利益關系。